行动装置99式主战坦克的行动装置依然采用90-IIM(MBT-2000)系列的设计，每侧有6个负重轮，主动轮在车体后部，诱导轮在车体前部，每侧有3个托带轮，但是负重轮之间的间距较大。悬挂系统为扭杆式悬挂装置。在第一、二和六负重轮位置处，装有新研制的新型减振器。履带采用以往国产坦克较少采用的双销式销耳挂胶履带。板体上装有可以更换的橡胶衬垫，减少履带对路面的损害。

　　防护系统

　　99式主战坦克的车体和炮塔采用了钢装甲板和复合装甲，配方、材料和结构估计与MBT-2000系列主战坦克的相同，炮塔的外形经过修改，增加了正面装甲的厚度，防护能力估计要高于MBT-2000的550毫米水平。另外，由于采用外形低矮的炮塔，99式主战坦克的中弹面积较小，生存能力明显增强。

　　炮塔正面两侧均装有烟幕弹发射器，型号估计与96式主战坦克的相同。炮塔中后部分周围还焊有具有储物篮作用的格栏栅，可起到间隔装甲的作用，间接增加了炮塔的防护能力。车体两侧装有夹布橡胶裙板，车内安装有“哈隆”自动双路灭火系统，能在60秒内把火扑灭。目前，为了进一步加强坦克的防护能力，99式主战坦克加装了大量附加装甲和反应装甲，致使炮塔的外形看起来与“豹”2A5非常相似。

　　另外，为了继续增强防护能力，我国设计人员为99式坦克配备了主动防御系统，即安装在炮长座舱后部那个“大盒子”。该系统属于硬杀伤系统，由探测系统和激光发射器组成，通过向目标照射激光使对方光点探测系统致盲。