初期：偶尔占领驻扎，未站稳脚跟

　　1937年全面抗战爆发后，日军就多次轰炸深圳。因为深圳与英国租界边界毗连，广九铁路经过这里，是从香港运输军需物资支援内地抗日军民的要冲，战略位置非常重要。

　　1938年10月12日凌晨，日军出动舰船约500艘、飞机约100架，在海军、空军的配合下，陆军分左、中、右三路，在大亚湾的虾涌墟、澳头、平海等处悄然登陆，向广州推进，虽然在惠阳地区受到国民党政府军的阻击，但推进过程仍然顺利。

　　1938年11月22日，日军再次在大鹏湾登陆，国民党守军不敌。26日，深圳镇、沙头角失守。同一天，日军攻占战略要地南头城——当时的宝安县城。这是日寇第一次占领宝安县城，并没有长期驻扎，而是很快就撤回广州。

　　攻占广州后，日军在深圳地区进行扫荡，但没有配置兵力。抗日军民仍可以通过深圳，继续从香港运输物资。日军逐渐认识到占领深圳的重要性，企图切断我抗战军民的军需补给线，再以深圳地区为战略基地，攻占香港乃至华南地区。

　　1939年8月，日军在黄埔上船，经珠江到虎门集结后，于13日夜间从虎门启航。14日拂晓，在宝安附近登陆，当日就占领了深圳。15日，日军再次占领沙头角一带。从9月30日起，抗日军队向日军发起顽强的攻击，日军不断增加，到11月，整个宝安县沦陷。由于兵力严重不足，日军在1938年底到1940年初，只是偶尔攻占驻扎深圳，一直未站稳脚跟。

　　后期：占领5年，烧杀抢掠

　　1940年9月，日寇又占领了宝安南头和深圳镇，为进攻香港作准备。

　　1941年底，日军侵占香港后，深圳镇和宝安县南头城再度被日寇占领，由此，日寇开始了对南头古城长达5年的驻军与奴役。

　　为应付来自共产党抗日游击队以及国民党军的打击，日军在南头古城城墙上下及四周，修筑了17座大大小小的钢筋混凝土碉堡，城内外还修建了10多座碉堡和暗堡。大量的民房被改为军营，设置了马厩、军械修理所，挖了深达11米的水井。

　　而共产党领导的抗日游击队就悄悄地驻扎在紧邻南头的西乡，连共产党的县委领导机关，也设在日军眼皮底下的南头和西乡。1942年1月，中共中央南方工作委员会在宝安龙华白石龙村召开会议，成立广东人民抗日游击总队。总队成立后，多次粉碎了日军对东莞、宝安抗日根据地的“扫荡”。

　　深圳博物馆首任馆长杨耀林告诉记者，1941年8月，数百个日本兵进犯布吉岗头村，进村之后实行了灭绝人寰的“三光”政策，奸淫妇女，活活烧死一对夫妇，抢走全村的家禽和牲畜。沿海渔民、蚝民所受荼毒更为惨烈，粗略统计，仅1938年至1940年间，就有200多人被日军残杀，被抢劫、烧毁的渔船无数。

　　1945年8月，日本宣布无条件投降，驻扎深圳地区的日军军心浮动，处于涣散状态。东江纵队和国民党军队立即开赴附近各处日伪据点，解除了驻深圳地区日军的武装，深圳地区的抗日战争胜利结束。